Multidomain with realurl

To set up a realurl config for multidomain and with different template, you can adapt this example for your realurlconf.php.

$RootPID = array(
    'www.domain1.com' => '1',
    'www.domain2.com' => '2',
    'intranet.domain1.com' => '3', 
);     

$GLOBALS['TYPO3_CONF_VARS']['EXTCONF']['realurl']=array (
    '_DEFAULT' => array (
        'init' => array (
            'enableCHashCache' => true,
            'appendMissingSlash' => 'ifNotFile,redirect', 
      ...
        'pagePath' => array (
            'type' => 'user',
            'userFunc' => 'EXT:realurl/class.tx_realurl_advanced.php:&tx_realurl_advanced->main',
            'spaceCharacter' => '-',
            'languageGetVar' => 'L',
            'expireDays' => 7,
            'rootpage_id' => $RootPID[$_SERVER['HTTP_HOST']],
        ), 
      ...
   ),


   'www.domain1.com' => array (
        'init' => array (
          'enableCHashCache' => true,
          'appendMissingSlash' => 'ifNotFile,redirect',
          'adminJumpToBackend' => true, 
     ...
        'pagePath' => array (
            'type' => 'user',
            'userFunc' => 'EXT:realurl/class.tx_realurl_advanced.php:&tx_realurl_advanced->main',
            'spaceCharacter' => '-',
            'languageGetVar' => 'L',
            'expireDays' => 7,
            'rootpage_id' => $RootPID[$_SERVER['HTTP_HOST']],
        ), 
      ...
    ),
   'www.domain2.com' => '_DEFAULT', 
   'intranet.domain1.com' => 'www.domain1.com', 
);

Source:
http://www.typo3knowledge.ch/category/extensions/realurl-extensions/